Il Museo è sito in Piazza Giudici n.1, propone al visitatore un altro aspetto che ha sempre caratterizzato Firenze ossia la passione per gli studi scientifici. Sono conservati, infatti, nel Museo molti strumenti scientifici che risalgono fin al XIII secolo.
Le due famiglie, quella de’ Medici e quella dei Lorena, nutrivano un profondo interesse per la fisica, la matematica, le scienze naturali per cui collezionarono molti strumenti scientifici che fanno parte oggi del Museo della storia della scienza.
Nelle sale sono conservati anche gli strumenti scientifici originali utilizzati da Galileo Galilei.